Інструкції по запуску задач у ВО multiscale

Для запуску задачі необхідно підготувати відповідний xrsl-файл та допоміжний bash-скрипт.

Приклад запуску задачі через nordugrid ARC:

ngsub -c west.icmp.lviv.ua lammps.xrsl

LAMMPS

Приклад xrsl-файлу для запуску програми LAMMPS:

& (executable=lammps.sh)
(jobname=brush1)
(inputFiles=(in "") (restart.equ.1 ""))
(outputFiles=(log.lammps "") (restart ""))
(stdout=lammps.out)
(stderr=lammps.err)
(gmlog=gridlog)
(wallTime=2880)
(memory=1800)
(count=24)
(runtimeenvironment="LAMMPS-OPENMPI")

Відповідний bash-скрипт (lammps.sh) повинен бути:

#!/bin/bash
$LMP_MPIRUN <in

GROMACS

Приклад xrsl-файлу для запуску програми LAMMPS:

& (executable=gromacs.sh)
(jobname=gromacs_test)
(inputFiles=(gromacs.sh "") (em.tpr "") )
(outputFiles=(em.trr "") (em.cpt "")
            (em.edr "") (em.gro "") (em.log "") (em.xtc "") (em.xvg ""))
(stdout=gromacs.out)
(stderr=gromacs.err)
(gmlog=gridlog)
(walltime=2880)
(memory=1800)
(count=24)
(runtimeenvironment="GROMACS-OPENMPI")

Відповідний bash-скрипт (gromacs.sh) повинен бути:

#!/bin/bash
$GMX_MDRUN -v -deffnm em

DL_POLY Classic

Приклад xrsl-файлу для запуску програми DL_POLY Classic:

& (executable=dlclass.sh)
(jobname=water)
(inputFiles=(CONTROL "")(CONFIG "") (FIELD ""))
(outputFiles=(OUTPUT "") (STATIS "") (REVCON "")  (REVIVE ""))
(stdout=dlclass.out)
(stderr=dlclass.err)
(gmlog=gridlog)
(wallTime=2880)
(memory=1800)
(count=24)
(runtimeenvironment="DLCLASS-OPENMPI")

Відповідний bash-скрипт (dlclass.sh) повинен бути:

#!/bin/bash
$DLC_MPIRUN

Запуск довільних MPI-програм

Приклад xrsl-файлу для запуску програми LAMMPS:

& (executable=myprog.sh)
(jobname=myprog_test)
(inputFiles=(myprog "")(input ""))
(outputFiles= ("/" " "))
(stdout=myprog.out)
(stderr=myprog.err)
(gmlog=gridlog)
(wallTime=2880)
(memory=1800)
(count=8)
(runtimeenvironment="OPENMPI")

Відповідний bash-скрипт (myprog.sh) повинен бути:

#!/bin/bash
chmod +x myprog
$MPIRUN myprog

Де myprog - це виконавча MPI-програма, яка повинна бути попередньо скомпільована для того, щоб мати можливість виконуватися в середовищі ВО. По питаннях компіляції просимо звертатися до адміністратора ВО.